Awal mula Thareqat Naqsyabandiah adalah ilmu rahasia Allah yang amat suci yang kemudian Allah menyuruh malaikat Jibril untuk memberikan ilmu rahasia yang sangat halus dan suci itu kepada satu-satunya hambanya yang sangat dikasihi dan sangat disucikan ruhaninya, hamba yang menjadi pilihannya, yang menjadi junjungan para nabi, rasul, para khalifah Allah Ta’ala, para waliyullah dan manusia seluruhnya, yaitu Nabi Muhammad Saw.
Ilmu rahasia ini selanjutnya oleh ulama sufi disebut dengan ilmu tasawuf atau ilmu thareqat. Dan nama-namanya mengikuti guru- guru yang mengembangkannya dari zaman Rasulullah sampai zaman sekarang ini. Tetapi agaknya dari zaman Baha’udin sampai saat ini, thareqat ini tidak banyak mengalami perubahan nama, yaitu Naqsyabandi. Yang ada setelah Baha’uddin hanya nama tambahan, seperti al Mujaddidi, al Kholidi, al Madhari, al Haqqani, dan al Amini. Bahkan ada yang menamai Thareqat Jabal Abu Qubais, sebagai tanda silsilahnya masih bersambung terus sampai Rasulullah.
Thareqat Jabal Hindi, untuk nama Thareqat Naqsyabandi yang terputus silsilahnya, atau thareqat yang mursyidnya mengangkat sendiri, bukan diangkat oleh guru
Thareqat Pada Zaman Rasulullah (571-632 M) Semasa Nabi masih hidup, belum dikenal bentuk perkumpulan yang didefinisikan dan dinamai Thareqat tetapi keberadaannya berbentuk sebuah kegiatan rutin, khusus, halus, dan tersembunyi berupa kegiatan dzikir-dzikir untuk Tazqiyatun Nafs dan Tazqiyatul Qolb, {pembersihan jiwa dan hati}, karena halusnya maka dinamai thareqatus Sirriyah. Kemudian dari padanya ilmu rahasia ini diwariskan kepada Abu Bakar as Shiddik.
Thareqat Pada Zaman Khalifah- Khalifah
1. Abu Bakar as Shiddiq Pada masa kekhalifahan Abu Bakar as Shiddiq, kegiatan rutin dan halus itu dinamai Thareqatul Ubudiyah, karena wujud gambaran tingginya dan totalitas pengabdian Abu Bakar kepada Nabi Muhammad, dalam rangka mengabdi kepada Allah Swt. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
2. Salman al Farisi Kesempurnaan Sayyidina Abu Bakar as Siddiq dalam pengabdiannya dan perjuangannya melaksanakan seluruh perintah dan amalan Nabi Muhammad, termasuk kegiatan dzikir-dzikir secara terus-menerus. Dikembangkan dan diamalkan dzikir-dzikir khusus dan halus tersebut. Kemudian dinamai dengan Thareqatus Siddiqiyyah. Thareqat ini namanya populer sampai pada masa Abu Yazid al Bustami. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
3. Qasim ibn Muhammad ibn ‘Abi Bakar al Shiddiq. Qutubul Aulia’, Imam Thareqatus Siddiqiyah. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
4. Ja’far as Shidiq (w.148/765). Sayyidina Ja’far as Shiddiq ra cucu Sayyidina Qasim ra dari Ibundanya. Diangkat menjadi Imam Syiah ke-6 menggantikan ayahandanya Muhammad Baqir sebagai Imam Syiah ke-5, cucu Sayyidina Ali ra. selama proses belajar. Pengaruh Ibundanya paling merasuk pada ilmunya. Yang bernasabkan pada kakeknya Sayyidina Qasim, dan secara politis mengikuti jejak ayahandanya konsekuensi putra seorang Imam syiah. Khalifah- khalifah Ja’far ash Soddiq yang mengemban Thareqat ash Shiddiqiyah dan menjadi penyambung antara Imam Ja’far dan Abu Yazid al Busthami adalah Sayyidina Imam Musa al Qadim, Sayyidina Imam Ali Ridho dan Syaikh Ma’ruf al Kharhi. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan secara barzakhi kepada :
5. Abu Yazid Thaifur al Bisthami (w.260/874). Auliya’ Akbar, al Qutub. Karya- karyanya yang dieksplorasi dari pengalaman ruhaninya, merupakan salah satu dasar doktrin Wahdatul al Wujud, Wahdatul al syuhud, Ana al Haq dan Rabbani. Doktrin ini juga dianut oleh Abu Hafas al Naisabur, Abu Sa’id al Harraz, Junaid al Baghdadi, at Thusi, al Kalabasi, al Hallaj, Ibnu Arabi, Suhrawardi dan Maulana Rummi sedangkan Wahdatul al syuhud dianut oleh sufi al Makki, Muhasibi al Sulami, Hujwiri, al Qusyairi dan al Ghazali serta Abdul Qadir Jilani dan Ahmad Rifa’i. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan secara barzakhi kepada :
6. Abul Hasan al Kharaqani (w.425/1034). Inisiasi atau bai’at Abu Yazid kepada Abu Hasan dilakukan secara gaib atau melalui Nabi Hidir yang dikenal dengan istilah bai’at uwaisi. Status kemursyidannya diperoleh langsung dari Nasabut Thareqatut Thaifuriyah. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
7. Abu ‘Ali al Farmadzi (w.535/1084), Quthubul Auliya, ahli fiqih dan ahli haditas. Di Nesafur fatwa- fatwanya senantiasa menjadi rujukan-rujukan para juru da’wah (da’i). Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
8. ‘Abu Ya’kub Yusuf al Hamadani (w.535/1140)
8 Dasar Thareqat diperkenalkan sebagai bentuk doktrin penyempurnaan,
(1) Husy dar dam,
(2) nazhar bar qadam,
(3) safar dar watan,
(4) khalwat dar anjuman,
(5) yadkard,
(6) bazgasyt,
(7) nigah dast, dan
(8) yads dast Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada:
9. ‘Abd al Khalik al Ghujdawani (w.617/1220). Syaikh Abdul Khalik al Fajduani nasabnya sampai kepada al Imam Malik bin Anas RA. Abdul Khalik pernah diajari praktek pelaksanaan Nafi-Isbat di laut oleh Nabi Hidir. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
10. ‘Arif al Riwgari (w. 657/1259). Al Qutub dan ahli tafsir. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
11. Mahmud Anjir Faghnawi (w.643/1245 atau 670/1272). Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada: 12. ‘Azizan ‘Ali al Ramitani (w.705/1306 atau 721/1321). Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
13. Muhammad Baba al Sammasi (w.740/1340 atau 721/1321). Sufi besar penganut doktrin Wahdatul al Syuhud dan Wahdatul al Wujud. Ahli Fiqih dan Tafsir al Qur’an. Ilmu agama (Fiqih, Hadits serta Tafsir al Qur’an) Baha’uddin diperolehnya atas bimbingannya. Baba Samasi orang Cina yang bermukim di Sammas dekat Tasken perbatasan dengan Cina. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
14. Amir Sayyid Kulal al Bukhari (w.772/1371). Sufi besar, seorang ahli Fikih dan Ilmu Kalam, Wali al Qutub serta ahli tembikar terkenal yang produksinya tersebar ke Asia (Cina) dan Eropa. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
15. Muhammad Baha’ al Din Naqsyaband (717-791/1318-1389). Auliya Allah yang Qutub, Penasehat Utama Sultan Khalil di Samarqand, fatwa-fatwanya menjadi rujukan Hakim-Hakim Agung dalam memutuskan perkara. Karena kebesaran namanya, Thareqat yang di pimpinnya tersebar dengan cepat dan termasyhur serta memiliki pengikut yang sangat banyak dan tersebar ke seluruh dunia. Kemudian darinya diwariskan kepada : 16. Maulana Syaikh Muhammad al Bukhari al Khawarizumi QS. Penghulu di Bhukara’ tempat kelahiran seorang perawi hadits Bukhari Muslim. beliau adalah al Qutub. Pengajar Hadits di beberapa sekolah. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
17. Maulana Syaikh Ya’kub al Jarkhi al Hasyary QS. Wali Qutub dan ahli Tafsir al Qur’an. Bersama Kwaja Muhammad Parsa yang juga murid Baha’uddin Naqsyabandi telah membuat Tafsir Qur’an. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada : 18. Syaikh Nasiruddin Ubaidullah al Ahrary as Samarqandi Salah satu Wali Qutub yang amat kaya. Kekayaannya pernah menutup hutang-hutang kerajaan Samarqan, membantu kerajaan Mugol India keluar dari krisis keuangan. Setiap tahun berzakat 60.000 ton gandum. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
19. Maulana Syaikh Muhammad az Zahid QS. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
20. Maulana Syaikh Darwisy Muhammad as Samarqandi QS. Anak saudara perempuan Syaikh Muhammad az Zahid QS. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
21. Maulana Syaikh Muhammad al Khawajiki al Amkany as Samarqandi QS. Putra Syaikh Darwisi Muhammad as Samarqandi QS. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
22. Syaikh Muayyiduddin Muhammad al Baqibillah QS. Al Qutub. Asal Turki yang kemudian bermukim di India. Membangun Madrasah termegah dan terbesar di masanya. Kemudaian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
23. Syaikh Akhmad al Faruqi as Sirhindi QS. Murid kesayangan Baqibillah. Ketika al Faruqi mulai belajar kepadanya dan berbaiat, baqibillah telah berfatwa al Faruqi adalah orang yang akan menggantikan dirinya. Menjelang kematiannya, Baqibillah memohon untuk menunda ruhnya dicabut sampai menunjuk al Faruqi sebagai penggantinya, ketika al Faruqi sedang bepergian jauh. Ia seorang yang ahli Fiqih dan hafal al Qur’an. ia adalah Mujadid Millenium ke dua. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
24. Syaikh Muhammad Ma’sum QS. Beliau adalah putra Syaikh Akhmad al Faruqi as Sirhindi QS. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
25. Syaikh Muhammad Saifuddin QS. Beliau adalah putra Syaikh Syaikh Muhammad Ma’sum QS. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
26. Syaikh Syarif Nur Muhammad al Badwani QS. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
27. Syaikh Samsuddin Habibullah Jan Janany Muzhhir al ‘Alawi QS. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
28. Syaikh Abdullah ad Dahlawi QS. Nasab Syaikh Abdullah sampai pada Sayyidina Ali bin Abu Thalib. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
29. Maulana asy Syaik Dhiyauddin Khalid al Utsmani al Kurdi QS. Auliya Akbar, Sultanul Auliya’, al Qutub yang sangat termasyhur, khalifah-khalifahnya tersebar ke seluruh dunia. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
30. Syaikh Abdullah al Affandi QS. Kepala sekalian guru-guru dalam negeri Mekkah al Musyarrafah. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
31. Syaikh Sulaiman al Qarimi QS. Khalifahnya yang terkenal di Indonesia: KH. Ubaidah dan KH. Abdurrahman kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
32. Saidis Syaikh Sulaiman az Zuhdi QS. Menantu Syaikh Sulaiman al Qarimi QS. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada:
33. Saidis Syaikh Ali Ridha QS. Menantu Maulana Sayyidisy Syaikh Sulaiman az Zuhdi QS. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
34. Saidis Syaikh Muhammad Hasyim al Khalidi QS. Khalifahnya yang sangat menonjol adalah Prof. Dr. Kadirun Yahya. KH. As’ad Syamsul Arifin Situbondo pernah meminta talkin dzikir Naqsyabandi, ia dianjurkan untuk mengembangkan pesantren ayahandanya KH. Syamsul Arifin. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
35. Saidis Syaikh Kadirun Yahya Muhammad Amin al Khalidi QS (1917-2001). Kadirun Yahya dikenal sebagai thabib besar, wali qutub dan seorang akademisi serta ahli fisika-kimia yang bergelar profesor dan doktor. Di bawah bimbingannya Thareqat Naqsyabandiah. Mujaddiyah Khalidiah berkembang di perkotaan melalui kampus- kampus, yang sebelumnya sangat asing. Kemudian darinya ilmu rahasia ini diwariskan kepada :
36. Saidis Syaikh Der Moga Barita Raja Muhammad Syukur QS (1935- sekarang) Muhammad Syukur adalah Khalifah Prof DR. Kadirun Yahya yang sangat menonjol kekeramatannya, baik sebelum maupun setelah gurunya berlindung. Sekarang ia memimpin Thareqat Naqsyabandi al Mujaddidiah al Khalidi yang berpusat di Batam.